鲜黄花菜含有无毒的秋水仙碱，进入人体胃肠道后会变成有毒的氧化二秋水仙碱，使人产生喉干、胃部灼痛、恶心、呕吐、腹痛、腹泻等毒性反应，中毒严重的可引起血尿、尿闭和便血。由于秋水仙碱易溶于水，吃前只要将新鲜黄花菜放入水中浸泡两小时，再用开水烫一下并挤去水分。这样做成菜食用就不会中毒了。市售的干的金针菜是经过蒸煮、晒干后制成的，毒性已被破坏，食用是安全的。