食品药品放心工程是一项系统工程，涉及生产、流通、消费各个环节，为保证预期目标的实现，各部委分别制定了具体的、有针对性和有可操作性的整治措施。该工程分为食品、药品两个部分。食品放心工程的重点是突出源头污染治理和与百姓生活关联度较高的品种，包括粮、肉、蔬菜、水果、奶制品、豆制品、水产品等。重点环节在农产品种植、养殖；食品生产加工，特别是大中城市城乡结合部的食品加工、重点品种批发、零售等流通环节。以此建立食品管理各环节的准入条件和标准，严格市场准入，规范经营行为，确保广大消费者的食品安全。药品专项整治要加强对科研、生产、经营、使用全过程的监督，严厉查处无证生产经营行为，打击制售假冒伪劣药品医疗器械违法活动。现阶段重点开展对中药材专业市场的整治，在中药材市场严禁出售各种中药饮片、假劣中药材、毒性中药材、濒危动植物中药材；规范药品生产经营秩序，查处买卖、出租、出借《药品经营许可证》以及挂靠经营等违法违规行为。